Ordunque, caro Giancarlo.
Io che sono un fautore acceso della seminagione contro la moda supermercatile imperante di acquistare piantine già fatte, non posso che approvare la tua scelta di procurarti in questo modo le tue Camelie. Anche se, lo saprai certamente, prima che piante nate da seme possano fiorire passano a volte 4/5 e fino a 10 anni... Sono contento che tu abbia tanta pazienza. :@)

Foglie che si macchiano di puntini marrone possono significare parecchie cose, e non sempre belle.
Il male minore potrebbe essere che il terreno sia eccessivamente calcareo: a volte ciò provoca proprio macchiette bruno scuro sulle foglie della camelia. In questo caso sarebbe molto facile intervenire con correzioni a base di torba, letame maturo e con la somministrazione un paio di volte l'anno di Sequestrene; ma mi dici di avere usato terreno per acidofile...

Il male peggiore, e temo che di questo si tratti, è l'insorgere di una malattia fungina chiamata proprio "ruggine". Gli agenti patogeni variano da una specie vegetale all'altra, ed anche gli effetti ed i colori visibili non sono sempre gli stessi. Nella rosa per esempio (e potrebbe essere il medesimo fungo che ha attaccato la tua japonica) si manifesta con piccole maculature di color arancio o brune sulle foglie, maculature che producono nella pagina inferiore una polvere (spore) di colore dal giallo rossastro al bruno scuro.

Il mio consiglio - e questo vale sempre, in casi di attacchi di crittogame - è di tagliare e bruciare subito le parti colpite e di sterilizzare poi a fuoco (basta la fiamma di una candela), le cesoie e gli altri strumenti utilizzati.
Se l'attacco è forte usa un fungicida anticrittogamico a base di ditiocarbammato (Metiram, Ferbam ecc.) o ftalimidico (Captano, Folpet ecc.).
Non sono veleni pericolosissimi, fa' comunque attenzione alla classe di tossicità.
I primi appartengono alla classe III (manipolare con prudenza) ed hanno un periodo di carenza (il tempo che bisogna attendere dopo l'irrorazione perché la pericolosità cessi) di 28 giorni.
I secondi sono in classe IV (rischio trascurabile) con periodo di carenza che va dai 10 ai 15 gg.
Entrambi li puoi trovare presso un buon Garden Center, un negozio specializzato o un Consorzio agrario.

Quanto alle precauzioni generiche da osservare per evitare l'insorgere di muffe, ruggini, malbianco ecc., ti consiglio di mantenere la pianta sempre potata in maniera che l'aria possa circolare liberamente. Quindi appena possibile (ma le tue piantine sono ancora piccole, se non sbaglio) afferra i forbicioni e sfoltisci i rami, specialmente quelli che si dirigono verso l'interno del cespuglio. E fa' in modo che abbia una buona ventilazione.
Ruggini e malbianco appaiono quando il clima diventa caldo e umido, come in una giornata afosa di agosto, quando è piovuto il giorno prima.

Questo è ciò che sono in grado di dirti sulla base delle tue indicazioni.
Spero di avere azzeccato la diagnosi. ANZI, NO! Spero proprio di essermi sbagliato!

A presto, comunque. Mi piacerebbe essere tenuto al corrente degli sviluppi della situazione.
Ciao!