Ciao Erica, Regina della Brughiera!
Intanto congratulazioni per la scoperta vocazione giardiniera; e grazie per i complimenti al sito... ogni tanto ne ho bisogno. :@)

Adesso, scusami, faccio un po' il saccente/pedante. La risposta la trovi un po' più sotto, ma leggi tutto ugualmente. Grazie...
Dunque, quali "margherite"? per assecondare questa tua bellissima nascente passione, ti consiglio di documentarti al più presto su qualche libro, per imparare a conoscere le piante e ad indicarle col "nome e cognome", cioè col nome latino, composto di due parole che ne indicano il genere e la specie.
Non si tratta di inutile snobismo: le piante che possono entrare nei nostri giardini sono migliaia e migliaia, e dato che ognuna ha caratteristiche ed esigenze assolutamente differenti, fino ad ora l'unico modo per intendersi e non equivocare è quello di usare questa "nomenclatura binaria" inventata da Linneo nel '700. Finché un'altra lingua come l'inglese non ne prenderà il posto, il latino è indispensabile, perché permette in una sola parola di condensare diversi concetti.
Per esempio, come vedrai nell'ipotesi che faccio più sotto, il nome del "genere" (Chrisanthemum) significa "fiore d'oro", mentre il nome della "specie" (leucanthemum) significa "fiore bianco". Il tutto, se lo volessimo tradurre in italiano, dovrebbe suonare circa come "Fiore dorato del tipo a fiore bianco" o, per ben che vada, "Crisantemo a fiore bianco": come vedi la lingua antica è molto più moderna della nostra...
In inglese invece, che meglio si presta alla creazione di parole composte, forse si potrebbe coniare una definizione del tipo "White goldieflower" o qualcosa del genere.
Ma non pensarci: resterà il latino fino alla fine dei giorni...

Ti ho fatto tutto questo sproloquio perché non capisco bene QUALI "Margherite" vorresti potare.
Non certo le Bellis perennis, le margheritine del prato, credo.
Ma forse ti riferisci a qualche Crisantemo che hai in vaso.
Quelli che comunemente vengono chiamati "Margheritoni" sono i Chrisanthemum maximum. Alcuni chiamano "Margherita" anche il Chrisanthemum leucanthemum. E anche altre piante, come la Calendula e la Gerbera, presso i fioristi, che di solito di nomi delle piante non sanno proprio niente, acquistano per faciloneria lo stesso nome.
Dovresti cercare di darmi qualche spiegazione più precisa, se puoi.

Ma una risposta devo pur dartela!... giusto per non passare inutilmente per pedante.
Se si trattasse davvero di Crisantemi dei due tipi di cui ti ho fatto il nome, in genere non necessitano di potature. Se vuoi una pianta più folta e ricca di ramificazioni, puoi accorciarne i rami, in modo che da ognuno ne spuntino due o più. Quest'operazione andrà fatta in autunno o all'inizio della primavera. Dato che la fioritura avviene in principio dell'estate e dura fino a settembre, ti sconsiglio di farlo ora [Giugno], in quanto elimineresti gli "scapi" fiorali coi relativi boccioli in formazione e per avere una fioritura dovresti attendere il prossimo anno.
Se invece la fioritura fosse già avvenuta, e tu ti riferissi alla pulizia dei fiori appassiti, ebbene allora sì, è meglio toglierli, assieme a 7-8 cm di gambo.

Ma, come ti ho detto, molto probabilmente questi consigli non sono validi se si tratta di altre specie. Se mi riscrivi mi farà piacere approfondire questo o altri argomenti.